Michel Guenet s’intéresse à la géographie structurale, la morphologie urbaine, la planification stratégique et l’aménagement du territoire. Il est également spécialiste en géomatique et système d’information géographique ainsi qu’en analyse et modélisation spatiale.

Ses plus récentes recherches touchent aux questions de ségrégation socio-spatiale et aux gated communities, notamment dans le cadre d’un projet de recherche avec l’Université de Puebla au Mexique (Facultad de Arquitectura, Universidad Autonoma de Puebla).