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Michel Guenet s’intéresse à la géographie structurale, la morphologie urbaine, la planification stratégique et l’aménagement du territoire. Il est également spécialiste en géomatique et système d’information géographique ainsi qu’en analyse et modélisation spatiale.

Ses plus récentes recherches touchent aux questions de ségrégation socio-spatiale et aux gated communities, notamment dans le cadre d’un projet de recherche avec l’Université de Puebla au Mexique (Facultad de Arquitectura, Universidad Autonoma de Puebla).

Expertise de recherche multidisciplinaire sur la ville et l’urbanisme: le rôle sociopolitique des infrastructures urbaines en réseau (dans les domaines des transports et de l’eau notamment), la place de l’eau dans la ville, les nouvelles modalités de l’aménagement et de l’urbanisme (planification métropolitaine, participation publique, prospective territoriale, conception urbaine innovante, planification intégrée urbanisme/transport…), l’action collective urbaine en matière de développement durable,  d’économie circulaire, et de transition numérique, les temporalités de l’urbanisme et des politiques urbaines (longue durée intergénérationnelle, politiques temporelles, ville réversible…).